Как проводить расчёты в Orca | Детский сад Группы теоретической химии

• Первая домашняя работа по курсу включает расчеты и примеры импутов.  

• Информация о том, как пользоваться ботом и ссылки на полезные мануалы.  

• Ссылки на форумы и мануалы для получения дополнительной информации.  

• Рисование молекулы в Kim Craft и добавление координат.  

• Использование секции координат для задания параметров расчета.  

• Пример расчета переходного состояния атаки цианида на метил-флорид.  

• Параметры расчета включают уровень теории, базис и поправки.  

• Оптимизация переходного состояния с более строгими условиями.  

• Использование секции geom для улучшения сходимости переходных состояний.  

• Импорт файлов с расширением .if и создание секции координат.  

• Указание количества процессоров для расчета.  

• Оптимизация молекулы и добавление второго атома.  

• Отправка файла в бота для расчета.  

• Лайфхак для отправки расчета на другой кластер с меньшим количеством пользователей.  

• Описание кластеров и программ для расчетов.  

• Открытие отчета в Kim Craft и анализ геометрии и частот.  

• Проверка правильности геометрии и частот.  

• Оценка мнимых частот и их значения для основного и переходного состояний.  

• Получение значений свободной энергии Гиббса.  

• Сравнение энергий различных состояний.  

• Оценка энергии процесса и перевод значений в килокалории на моль.  

• Энергия активации позволяет делать выводы о протекании реакции.  

• Сравнение переходных состояний помогает понять, какое из них предпочтительнее.  

• Для расчета дельтаж нужно сравнить энергии переходных состояний.  

• Молекулы могут быть информационно подвижными, что влияет на их энергию.  

• Конформационный поиск помогает рассмотреть все возможные состояния молекулы.  

• Для поиска конформеров основного состояния можно использовать бота.  

• Сначала нужно понять, что моделировать и предложить механизм процесса.  

• Затем определить, какие атомы системы включить в расчет.  

• Важно учитывать, насколько атомы влияют на протекание реакции.  

• Можно ставить множество расчетов одновременно.  

• Если бот не возвращает нужные данные, можно написать автору для исправления.  

• Расчеты на кластерах требуют запуска команд на сервере.  

• Обсуждение расчетных мощностей и использования кластеров.  

• Уточнение, что нужно было рассказать о моделировании.  

• Вопросы о пользовании ORCA и завершение обсуждения.