В январе 1941 года СССР и Германия заключили договор о границе на участке от реки Ижорка до Балтийского моря.
В июне 1941 года немецкие лодки были отозваны из Атлантики и переведены на Балтику, где использовались для тренировочных целей и против советского Балтийского флота.
В конце 1941 года Германия создала противолодочный рубеж, который перекрыл советским морякам выход в Балтику.
Были выставлены системы заграждений, включая мины, сетевые заграждения и донные мины.
Несмотря на смертельный риск, советские подводники продолжали выходить в море, преодолевая минные поля и сетевые заграждения.
В апреле 1943 года между островами Нарген и Порккала были поставлены двойные противолодочные сети, полностью перегородившие Финский залив.
В 1943 году советские подводные лодки практически прекратили удары по коммуникациям в Балтийском море, но весной 1944 года ситуация изменилась.
В Нарвском и Выборгском заливах действовала немецкая подводная лодка U-679, которая была атакована советскими катерами.
В сентябре 1944 года советская подводная лодка U-250 была поднята и отбуксирована в Кронштадт для изучения.
На лодке были обнаружены акустические торпеды, которые позже были использованы британскими моряками.
В последние месяцы войны корабли кригсмарине и суда торгового флота выполняли операцию по эвакуации беженцев из германских восточных областей на запад.
Германские подводные лодки продолжают патрулирование в восточной части Балтийского моря.
4 ноября 1944 года U-679 под командованием обер-лейтенанта Эдуарда Ауста потопила сторожевой катер СК-62 и тральщик Т-387.
9 января 1945 года советские тральщики выставили противолодочное минное заграждение, на котором погибла U-679 вместе со всем экипажем.
5 мая 1945 года британские самолеты атаковали и повредили новую большую немецкую лодку U-3503.
Обер-лейтенант Дири, убедившись в проигрыше войны, затопил U-3503 в шведских водах.
В августе 1946 года лодка была поднята, что оказало серьезное влияние на конструирование шведских послевоенных субмарин.